Metge, humanista i filòsof espanyol. Va néixer el 1529 a Navarra i va morir el 1588 a Jaén. Va escriure una obra anomenada El Examen de ingenios para las ciencias, que va tenir molt èxit en la primera edició a Baeza (Jaén) el 1575 i que després de la seva mort va ser editada, corregida a part, ampliada en alguns capítols i altres eliminats. Va ser criticada i prohibida per la Inquisició per oferir una visió alternativa de l’home.
La seva obra tingué tres parts: la primera, de contingut psicològic i caràcter teorètic on s’hi estudien els diferents ingenis, les seves varietats i diferències, les teories humorals i el cervell, entre altres temes; la segona part, de contingut psicològic i caràcter pragmàtic, tracta la correspondència existent entre les diferents professions acadèmiques i diferents varietats d’ingeni analitzant aquestes professions i les persones que s’hi dediquen, i la tercera part, de contingut biològic i caràcter pràctic, va orientat a l’assoliment dels bons ingenis. El Examen de ingenios para las ciencias es va estendre ràpidament a través dels ambients universitaris, primerament a Espanya i, a continuació, a la resta d’Europa. És considerada actualment com una de les obres precursores de la ciència moderna i, en concret, de la psicologia experimental.
Juan Huarte de San Juan distingeix la tres facultats principals de l'home, que són l’enteniment, la imaginació i la memòria. L'ingeni està en funció del temperament, aquest relaciona les qualitats humorals constituïdes de temperaments amb les referides potències psíquiques. D’aquesta manera, distingeix tres tipus d’ingenis: el memorial, per temperament humit; l’imaginatiu, per temperament càlid i l’intel·lectual, per temperament sec.
A Espanya, el dia 24 de febrer, es celebra el dia de Juan Huarte de San Juan reconegut com el patró de la psicologia. Algunes facultats, associacions i col·legis de psicòlegs, per aquest motiu, celebren diferents actes commemoratius.